El año 2003 comenzó a funcionar la primera planta desaladora de Chile bombeando 150 litros de agua potable por segundo hacia la ciudad de Antofagasta. Desde entonces, la planta ha aumentado constantemente su producción transformándose en la planta de desalinización de agua potable más grande de América Latina, produciendo 1.056 litros por segundo.
Si bien el agua tratada abastece cerca del 80% del agua potable utilizada en la ciudad, la desalinización produce importantes impactos ambientales sobre la biodiversidad marina debido, principalmente, al agua de rechazo hipersalina o salmuera generada en el proceso, la cual es vertida directamente al mar a través de difusores con salida a 200 metros de la orilla.
El problema de la salmuera radica en que su salinidad es significativamente superior a la salinidad media en la que se encuentran los organismos que componen los hábitats de los ecosistemas marinos costeros, a su vez, el agua de rechazo puede presentar diferencias de temperatura, de pH y contener trazas de los componentes químicos utilizados durante el proceso de depuración. En la actualidad Chile no cuenta con una legislación específica que regule y sea aplicable a esta actividad.
En declaraciones recogidas por el medio británico The Guardian, Eduardo Muñoz, pescador y buzo marisquero de La Chimba, señaló que «solía obtener el doble de almejas de cada inmersión», agregando que «desde que comenzó la desalinización hace unos años, apenas he tenido suerte. La sal que bombean de vuelta al mar mata todo, y ahora solo hay una gruesa capa de lodo en el lecho marino».
De acuerdo a Muñoz la operación de la planta de desalinización «ha reducido mis ganancias a la mitad al contaminar el área. No hay nada que pueda hacer, alguien necesita ayudarnos, porque nunca escuchan a los pescadores». Agregando que, las zonas de pesca están estrictamente reguladas, lo que significa que no puede simplemente moverse por la costa en busca de nuevos grupos de mariscos.