Desde el 24 de noviembre de 2017 permanecen en prisión preventiva los ex carabineros de Iquique Felipe Machuca, Juan Carlos Farías y Heiz Gnieser. Esto luego de que fueran imputados en el caso de la desaparición de 28 armas de la Primera Comisaría de Iquique.
Sin embargo, al poco tiempo de que se conocieran los antecedentes de la investigación, empezaron las primeras sospechas de una eventual manipulación e implantación de pruebas, motivando incluso querellas por estos delitos.
La duda la generaron los informes periciales que se hicieron sobre los teléfonos incautados, uno de ellos fue elaborado por la unidad que fue duramente cuestionada en el marco de la Operación Huracán: la Unidad de Inteligencia Operativa Especializada (UIOE) de la Araucanía. Incluso el denominado «profesor» Álex Smith admitió que había trabajado en la causa y declaró ante la Fiscalía Militar.
La teoría de la implantación de pruebas se ha visto fortalecida a la luz de los nuevos antecedentes que han aparecido en la causa, tal como las constata un reportaje de The Clinic.
En el primer informe se involucró a uno de los abogados de la causa en ella, donde le decía a Felipe Machuca que el entonces general director de Carabineros, Bruno Villalobos, le temía, y que negara toda acusación. El segundo, de la UIOE de La Araucanía, da cuenta de otra supuesta conversación en la que Machuca ofrece un arma a 200 mil pesos.
Las controversias quedaron en evidencia con un tercer informe elaborado por el Laboratorio de Criminalística de Carabineros (Labocar) de Santiago. En él, no solo se constata que las pruebas extraídas del teléfono de Machuca fueron implantadas cinco horas después de su detención, sino que además se le introdujo una tarjeta SIM, tuvo 150 registros de actividad en dos días y estaba configurado al año 2527.