Pese a que el Ministerio Público había solicitado 23 años de cárcel para los cuatro ex carabineros involucrados en la desaparición del joven José Vergara, por los delitos de secuestro calificado y falsificación de instrumento público, éstos fueron formalizados por detención ilegal y dejados en libertad.
En este escenario, la Fiscalía regional de Tarapacá presentó un recurso de nulidad ante la Corte de Apelaciones de Iquique para revertir el fallo, que condenó a los acusados solo por el delito de detención ilegal y estableció penas de 300 días de presidio menor en su grado mínimo para Carlos Valencia, además de 200 días de presidio menor en su grado mínimo para Abraham Caro y para Ángelo Muñoz, con 41 días de presidio en su grado máximo para Manuel Carvajal.
Debido a la falta de antecedentes de los ex uniformados, se les concedió una pena sustitutiva que terminó dejando en libertad a los policías que secuestraron al joven esquizofrénico, luego de que su familia les solicitara ayuda por una de sus crisis. Desde entonces, nadie ha vuelto a saber sobre el paradero de José Vergara.
Al respecto, el Ministerio Público argumentó que «en la sentencia el tribunal se equivoca al calificar los hechos como detención ilegal por sobre el delito de secuestro, y existe un errónea valoración de la prueba al dar por acreditado que los acusados dejaron en libertad a José Vergara tras sacarlo de su casa, sin que haya existido en el juicio prueba suficiente para aquello».